ある例では、インストール後にPEAP認証での接続が出来なくなったり、他にも接続スピードが不安定になったり、AirPortカード自体を正しく認識せずユーティリティで通常802.11 a/b/g/nなのがa/b/gのみ表示されるといった問題が報告されているようです。
なお、インストールしてしまった「AirPort Extreme Update 2008-003」を取り除く方法は、自動的に既存のシステムファイルを“Previous System(古いシステム)”という名前のフォルダに移動して、新しい Mac OS X を再度インストールする「アーカイブおよびインストール」を使用することで可能で、使用の際に「ユーザとネットワーク設定を保持」にチェックを入れないとダメな模様。
その方法はAppleのサポートページを参照するとわかりやすいと思いますので、良かったらどうぞ。
(なお、一部のシステムやサードパーティ製アプリの設定などが失われる場合があるので注意が必要です)