「iOS 4.3.x」ではフルスクリーンモードで動作する状態でホーム画面に保存したWebアプリは"Nitro Javascript エンジン"が使えない事から動作が遅かったのですが、
Cult of Macなどによると、これが「iOS 5」では改善されており、ホーム画面に登録したWebアプリでも"Nitro Javascript エンジン"が効くようになっているそうです。
なお、"Nitro Javascript エンジン"の効果は下記の関連エントリを参照して下さい。
【関連エントリ】
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「iOS 4.3」の"Nitro JavaScript エンジン"の効果は絶大 ・
「iPad 2」と「iPad」のJavaScript比較ベンチマーク