その警告文のスクリーンショットが下記画像ですが、左の画像は「FaceTime」を利用中に「3G通信」の設定をオフにしたところ、『3G通信を無効にするとFaceTimeを終了します。3G通信を無効にしますか?』と記載されています。

ただ、過去にも「FaceTime」が3G通信時でも利用可能になるかもしれないヒントがあったものの、実際に利用可能になるまでには至っておらず、今回も実際にどうなるのかは分かりません。
【関連エントリ】
・「FaceTime」が3G回線でも利用可能に?!
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